El comentario al al método propio de la exégesis medieval, el Doctor Angélico recurre abundantemente a los Padres de la Iglesia, explica la Sagrada Escritura mediante otros textos de la misma Escritura y utiliza los cuatro sentidos de la Palabra: literal, alegórico, moral y anagógicoEvangelio según San Juan es una obra de madurez de Santo Tomás de Aquino. Tal vez por eso es el más completo de sus comentarios bíblicos. Fiel.
A diferencia de sus obras sistemáticas, en este comentario el Aquinate despliega una teología de la Palabra de Dios más desarrollada y explicada. Sin embargo Santo Tomás descubre en el Evangelio de San Juan un orden temático semejante al que utilizará en la articulación de la Suma de Teología: Dios, la Creación, la Encarnación redentora y los Sacramentos de la Humanidad de Cristo.